การแบ่งส่วนราชการตามโครงสร้างการบริหารงานของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 41 มีดังนี้
1. กลุ่มอำนวยการ (Administration Group)
2. กลุ่มบริหารงานบุคคล (Personnel Administration Group)
3. กลุ่มนโยบายและแผน (Policy and Planning Group)
4. กลุ่มส่งเสริมการจัดการศึกษา (Promotion of Educational Provision Group)
5. กลุ่มนิเทศ ติดตาม และประเมินผลการจัดการศึกษา (Supervision, Monitoring and Evaluation for Educational Provision Group)
6. กลุ่มบริหารงานการเงินและสินทรัพย์ (Financial and Assets Administration Group)
7. กลุ่มกฎหมายและคดี (law and Case Group)
8. หน่วยตรวจสอบภายใน (Internal Audit Group)
9. กลุ่มพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษา
10. กลุ่มส่งเสริมการศึกษาทางไกล เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร



กลับหน้าแรก